Voda používaná k chlazení kontejnerů v potravinářském autoklávu musí být a zůstat bez nebezpečných úrovní mikroorganismů, když může přijít do kontaktu s produktem. Musí podstoupit dezinfekční ošetření, obvykle chlorací, aby byla zajištěna její bezpečnost od mikroorganismů, které by mohly kontaminovat obsah plechovek během chladicího procesu. Voda, která není dezinfikována, nesmí být recirkulována. Ideálně by všechna chladicí voda měla být pitné kvality, tj. buď z veřejného vodovodu nebo z jiného nekontaminovaného/dezinfikovaného zdroje. Mikrobiologická kvalita vody v místě použití musí být monitorována analýzou a zdroje / distribuční systémy nesmí být používány, pokud existují významné variace v mikrobiologické kvalitě.
Chladicí voda
Chladicí voda může být recirkulována, chlazena a skladována před opětovným použitím. To však výrazně zvyšuje riziko rekotaminace balení a taková voda musí být před opětovným použitím adekvátně dezinfikována, v některých zemích existují pro to právní požadavky. Pro efektivní dezinfekci může být chladicí voda v uzavřeném systému ohřívána (např. během sterilizačního procesu) nebo musí být voda a dezinfekční činidlo důkladně promíchány a poté udržovány po minimální dobu (ne méně než 20 minut v nádržích) před kontaktem s baleními. Nezbytný čas bude souviset s jednotlivými systémy. Jakékoli dávkování dezinfekčního činidla musí poskytovat reziduální dezinfekční schopnost ve vodě v místě použití.
Chlorový plyn
Chlorace je nejčastěji používaným dezinfekčním činidlem pro chladicí vodu, i když mohou být použity i jiné účinné ošetřovací systémy. Účinnost chlorace je indikována přítomností „volného“ chloru ve vodě, typicky 2 – 5 ppm v místě použití. Volný chlor je množství, které zůstalo nespojené (např. antimikrobiální) po reakcích mezi chlorem a organickými látkami ve vodě. Chlorový plyn nebo chlorový roztok může být injikován přímo do vody, nebo může být přidán jako roztok sodného nebo vápenatého hypochloritu. Organické zatížení ve vodě ovlivní množství požadovaného chloru. Pokud voda obsahuje vysoké hladiny organických nečistot (např. ve zdroji nebo v důsledku neustálé recirkulace), musí být poskytnuto odpovídající ošetření (např. filtrace). Recirkulační systémy by měly být pravidelně vypouštěny a doplňovány, aby se odstranily hrubé nečistoty. Akumulace nečistot ve vodě sníží účinnost dezinfekčních procesů. Zbytkový „volný chlor“ by měl být měřen dostatečně často, aby bylo zajištěno, že chlorový systém funguje podle plánu. Měření by měla být prováděna na vodě opouštějící autoklávy nebo kontinuální sterilizátory alespoň čtyřikrát denně. Automatické alarmy mohou být použity k indikaci nízkých hladin chloru v chladicí vodě. Existují alternativy k chloraci. Může být použit oxid chloričitý a bromové sloučeniny, ale jsou s nimi spojena rizika a před instalací je nutné vyhledat podrobné rady od výrobců systému.